Да ну что вы.. Have you ever been in... достаточно широко используется. Как по-английски сказать: «Вы были когда-нибудь в Париже»?
have you ever been - это Present Perfect, а не Present Perfect Continuous  

 И у вас неправильный предлог, надо to, а не in:
Have you ever been 
to Paris?