Читаю Зинкевичюса, не совсем понимаю эту часть.
1. Слова перед кавычками — это формы старолитовского, а в кавычках современные? 
2. Почему парадигмы так сильно изменились, выравнивание и аналогия? 
1. именно так - перед кавычками старые формы, в кавычках современные.
2. класс на -us был малочисленным на старте, поэтому мягкий вариант парадигм стал сливаться с более продуктивным io классом, что и наблюдаем, что во мн.ч. ius практически ликвидирована.
Ср. turgus - turgūs 'рынок', но popierius - popieriai "бумага, документ"