Ну так испанцы прибыли на эти земли, когда католическая церковь, ещё не признала индейцев, официально людьми. Да и все эти империи иноков ацтеков не были международнопризнанными. То есть официально таких государств не было.
Кем не признаны? Колумб вообще считал, что прибыл в Индию (в широком смысле этого слова), а не на новые земли. И крестить индейцев стали еще при Колумбе.
А Кортес не только распространял христианство среди индейцев Мексики,но женился на ацтекской принцессе. Точно так же Писарро женился на инкской принцессе.
Потомки и ацтекскских, и инкских императоров признаны были грандами Испанской Короны.