Большой специалист по ительменскому — А. Володин — считал, что этот язык лишь ареально (не генетически) родственен чукотско-корякским. В кач. аргументов он приводил список базисной лексики и ваш любимый аргумент грамматики: ительменский номинативно-аккузативный язык, а чукотско-корякские — эргативные.
Есть разные подходы А. Володина, О. Мудрака и М. Фортескью.
О. Мудрак настаивает на том, что есть регулярные звуковые переходы.
Однако учитывая, что он ученик школы С. Старостина, то я прекрасно могу представить, что из себя представляют эти переходы.
В праязыке могла быть расщеплённая эргативность или активность, которая потом эволюционировало в разные системы. Но в целом, лично для меня, да, это сильный аргумент против.
Но с другой стороны в праязыке это мог быть топик, который в чукотско-корякских развился в эргативность.

Не вижу причин полностью ставить гипотезу Мудрака об эрозии в ительменском, потому что у нас есть замечательные примеры в романских языках — eau и agua, œil и ojo, chaîne и cadena и др.