Это понятно, я имею в виду как различать минимальные пары в языках вроде кантонского?
Как понять, что это индивидуально высокий или индивидуально низкий тон? 
по контексту. Слушая конкретного гаврика вы скоро поймете, какая у него основная частота вещания, вот от неё и танцуйте.
Кроме того, я не разбираюсь в тональных языках, но высокий и низкий тон есть и в японском. Есть куча графиков со спектрометров, которые показывают, что тоны не абсолютные, а относительные, т.е. на контуры отдельных слов накладывается фразовая интонация (в повествовательных предложения - падающая). Поэтому каждый следующий «высокий» тон в предложении всё ниже и там такие террасы получаются.
Мораль: смыслоразличительной является не высота как таковая, а соотношение высоты по отношению к окружающим слогам. И тнз. «высокий» тон к концу предложения может быть даже ниже «низкого» тона в начале предложения. Я бы
очень удивился, если бы в кантонском было бы иначе