А как так получилось что вроде бы на не очень большой территории они так сильно разъехались?
Саамы раньше занимали значительно бо́льшую территорию, по субстратной топонимии от Финского залива до границ нынешней Республики Коми, их сильно подвинули карелы и финны. Кроме того, на разные саамские оказывали влияние разные языки соседей: карельский, норвежский, русский и финский.
Причём именно восточные сааамские так сильно отдалились?
Я бы не сказал, что именно восточные, просто в восточных и западных разные инновации. К примеру, деназализация в западных саамских и палатализация в восточных.