А почему "t" то исчезает, то нет?
Потому что действует аффиксальное чередование ступеней согласных. После слога, несущего главное или побочное ударение t сохраняется (maa - maata), после безударного слога редуцируется (kylä - kylää).
Но в результате многочисленных аналогических выравниваний сейчас это правило может нарушаться, напр., korkeaa вместо ожидаемого korkeata.
Читал, что для множественного числа реконструируют два окончания -t для номинатива и -i/j для всех остальных падежей.
Может окончание было одно, а t > i чисто из-за фонетического окружения?
Окончаний было два, просто показатель мн.ч. t в некоторых языках вторично проник в окончания косвенных падежей, в эстонском, к примеру, существуют дублетные формы: INESS.PL maades/mais, ALLAT.PL maadele/maile от maa.
