Хотя митр. Иона и был в полном смысле ставленником Москвы, однако продолжал еще некоторое время быть фактическим митрополитом всея Руси. Но об утверждении своей власти над литовской половиной митрополии он должен был предварительно особо позаботиться. После бегства митрополита Исидора из России, Литовская Русь, как мы видели, могла еще снова принять его, как своего законного начальника, о чем Исидор и вел с ней переговоры как раз пред самым поставлением Ионы. Решаясь на это поставление, великий князь Василий Васильевич сносился с великим князем литовским и вместе с королем польским Казимиром (1440-1492) и только по получении от него согласия, созвал собор, рукоположивший Иону.
Однако, русские епархии литовского государства не сразу оказались под властью митроп. Ионы. Только в следующем 1449 г. митр. Иона, пользуясь состоявшимся между Казимиром и Москвой мирным договором, выхлопотал себе у повелителя Литвы право фактического управления литовско-русскими епархиями. Для увещания православного населения этих епархий — подчиниться митрополиту, поставленному на Москве, Иона писал особые послания, из которых до нас сохранилось два: 1) ко всем князьям и панам и боярам и наместникам и воеводам и всему купно литовско-галицкому людству и 2) к киевскому князю Александру Владимировичу. Согласие населения, видимо, было получено, и Казимир грамотой от 1451 г. подтвердил за Ионой право на "столец митрополичь киевский и всея Руси, как первие было по уставлению и обычаю русского христианства".
Этим актом подчинялись московскому митрополиту епархии Литвы, но оставлялись вне сферы его влияния епархии Галицкие. При тогдашнем разделении Литвы и Польши, Казимир в Польше не имел той полноты государственной власти, как в Литве, и должен был в большой степени подчиняться воле народа польского. Галичина же принадлежала к собственной Польше, как ее завоеванная часть, и там король прислушивался более уже к голосу латинского духовенства и соображался с интересами узко-национальными. Вот почему и специальные ходатайства Ионы о подчинении ему галицких епархий Казимир оставил без последствий.
