Там дело даже не в долгих гласных, а в том, что само ударение очень слабое. Иногда сложно сказать, на какой слог оно падает, все слоги звучат примерно одинаково. Да, долгие гласные (и краткие с сонантом) воспринимаются как ударные, что неудивительно. В русском количество и качество — главные признаки ударного слога, а в чешском ударение на длительность почти не влияет, и отсутствует редукция. Помимо основного инициального в чешском есть и ритмическое ударение, которые обычно падает на каждый нечетный слог (нечто похожее приписывают древнерусскому), и вот на него порой чаще обращаешь внимание, чем на инициальное. Возможно, потому что в русском интенсивность снижается от начала к концу слова, из-за чего более интенсивный первый слог не воспринимается как ударный, к тому же для русского не характерны многосложные слова с инициальный ударением.
