Судя по этимологии, скорее наоборот (оно однокоренное с сиять), но встречается и это значение.
Скорее всего, из-за того, что солнечные лучи, проходя, например, через листву, создают переменные полосы света и тени. Видимо, такое видимое глазу освещение и называлось «сень», то есть «сияние». А поскольку там были полосы и света и тени, стало означать и тень тоже.