долгий, только опять же согласная палатализуется. Использовать кириллические «э» и «ы» для заведомо палатализующих звуков - заведомо кривожопая стратегия
А, теперь я Вас понял.

Ну так смысл не в том, чтобы фишки русской кириллицы механически перенести на литовский.

В болгарском "и" и "е" вообще ничего не палатализуют, "щ" - это "шт", а "ъ" - это "ə".
Почему следуя этой логике нельзя использовать "ы" в качестве палатализующей графемы?
Можно писать "ии" вместо "ы" как вариант, но тогда и специальное обозначение для бывших назализованных не нужно.
