Посмотрел по словарю Агеенко Ф.Л., Зарва М.В. Словарь ударений для работников радио и телевидения, 1984 - нормативно только Ни́гер.
Я немного не понимаю, причем тут "французская колония", если страна названа по реке, которая большей частью вообще по Нигерии протекает, которая
английская колония. Или вы намекаете на паранойю, чтобы читать нИгер и нигЕр, в зависимости от того, страна это или река, хотя на старте один топоним?