JS выполняется в браузере, PHP на сервере. Да, SMF это тоже в основном PHP + немножко JS.
Эти языки интегрируются друг с другом?
На страницах, генерируемых PHP содержатся ссылки на JS-файлы и дальше JS может делать HTTP-запросы, которые так же будут обрабатываться на PHP.